自2006起，中国农科院及所属研究所每年稳定获得“公益性科研院所基本科研业务费专项资金”（以下简称基本科研业务费专项）8556万元，截至2012年累计达6.22亿元，共立项资助基本科研业务费项目2286个，平均每个项目获得经费资助约27.2万元。基本科研业务费的设立，建立了对科研院所自主选题的储备性、创新性和孵化性研究的稳定支持机制，在提高院所科研积极性、稳定科研队伍、培养年轻科研人才、推动新学科增长点和创新性研究、解决科研经费紧缺和院所自主选题开展科学研究等方面发挥了很大作用。

      取得了一批科研成果。通过基本科研业务费资助，全院2007～2010年共发表SCI/EI论文748篇，申请专利442项，获得专利授权168项，制定标准46项，获得计算机软件著作权登记证书133项，审定植物品种147个，取得兽药授权证书8项，并取得省、市、院级各类奖项109项。

      培育了一批青年科研人才及其团队。全院一大批40岁以下的青年科研骨干在基本科研业务费专项资助下成为了自行设计并组织开展科学研究的项目承担人，获得了从事探索性基础研究的宝贵机会。同时，通过基本科研业务费引进了一批高学历青年科研人才,促使一批在职人员继续攻读学位，从普通研究人员成长为某一个研究方向的领军人物。2007～2010年，全院共有1276人次主持基本科研业务费项目，其中30岁以下人员占30%，博士占50%；引进人才203人，其中30岁以下人员132人，博士129人；培养各类科研人才2292人，30岁以下科研人员1769人，占77%。

      储备了一大批科研项目。以基本科研业务费项目研究为基础和前期储备，全院承担或参与了167项国家科技计划项目，其中“863”计划5项、“973”计划3项、国家自然科学基金项目83项。

      拓展了学科领域和研究方向。通过基本科研业务费，进一步加强了全院优势学科发展，资助和扶持了相对弱势的学科领域，拓展了研究方向，促进了交叉学科和边沿学科之间的融合发展。哈尔滨兽医研究所的“马传染病检测技术”相关研究在相当长时期内无法获得财政投入支持，在基本科研业务费资助下发展起来，运用于2008年北京奥运会及2010年广州亚运会赛马比赛的检疫；农业部环境保护科研监测所在资源再生、农村清洁工程、风险评估等方面衍生了新兴学科，建立了资源再生研究室、乡村环境控制研究室及生态毒理研究中心。

      直接为农业产业的发展提供了技术支撑。全院紧密跟踪农业产业发展中的难点和热点问题，立足于解决各生产环节的实际需求和关键技术问题，通过基本科研业务费专项资助开展孵化性应用性技术研究，取得了重要进展。作物科学研究所、棉花研究所所、油料作物研究所、中国水稻研究所和生物技术研究所培育的作物新品种，经推广运用于生产，取得了良好的社会效益和经济效益；植物保护研究所、哈尔滨兽医所、兰州畜牧与兽药研究所和上海兽医研究所研发的禽流感病毒灭活疫苗（H5N1亚型，Re-5株）等疫苗和兽药，部分已投入市场应用，用于动物疫病防治。

      为政策制定和管理决策提供了参考。全院基本科研业务费专项资助开展了一系列管理科学类研究，为职能部门和上级管理部门的管理决策，以及政府有关部门的政策制定提供了有力支撑。从2008—2010年，农业经济与发展研究所依托基本科研业务费专项和中国农业科学院农业经济与政策顾问团，编辑《判断与思考》30期，对有关“三农”重大宏观战略问题和现实热点问题进行研究，受到中央领导重视和同行关注。